Es wurde berichtet, dass es sieben Rätsel gab, die in der Fudo High School existieren, obwohl nur sechs von ihnen gelöst wurden. Die Gymnasiastin Hajime Kindaichi wird von der Leiterin des Mystery Research Teams, Ruiko Sakuragi, eingeladen, ihr bei der Lösung des siebten Rätsels zu helfen. Es besteht sogar die Möglichkeit, dass, wenn das alte Schulgebäude abgerissen wird, ein Mann namens "After-School Magician" zu morden beginnt.