In Card Captor Sakura geht es um Sakura Kinomoto, ein ganz normales zehnjähriges Mädchen. Ihr Leben ändert sich, als sie eines Tages in der Bibliothek ihres Vaters ein geheimnisvolles Buch mit dem Titel "The Clow" öffnet. In dem Buch befinden sich magische Karten, die den geöffneten Buchdeckel sofort dazu benutzen, sich in alle vier Windrichtungen aus dem Staub zu machen. Gleichzeitig erwacht auch Kerberos, der Wächter der Clow Cards, der gerade ein kleines Nickerchen von 30 Jahren gemacht hat. Die Karten, die mit ihren magischen Kräften imstande sind große Schäden anzurichten, sind weg und müssen wieder zurück ins Buch. Kerberos verleiht Sakura die Kraft, sich in einen Card Captor, eine Kartenfängerin, verwandeln zu können, um die Clow Cards wieder einzufangen. Und damit beginnt für Sakura das große Abenteuer, das mit vielen Überraschungen aufwarten wird…
Bei ihrer Aufgabe wird sie auch von Tomoyo, ihrer besten Freundin, unterstützt, die jedes Abenteuer von Sakura mit der Kamera filmt und Sakura tolle Kostüme schneidert. Während ihres Abenteuers trifft sie außerdem auf Shaoran Li, einem Austauschschüler aus China und einen Nachfahre von Clow Reed, dem Erschaffer der Clow Cards, welcher ebenfalls auf der Suche nach den Clow Cards ist und somit für Sakura eine starke Konkurrenz darstellt.